Hardy trở lại từ lệnh cấm vào ngày 5 tháng 8, tại giải vô địch quốc gia Mỹ. Vào ngày 6 tháng 8, Hardy phá kỷ lục thế giới của Yuliya Yefimova ở nội dung 50-m ếch (bể tiêu chuẩn) với thời gian 29.95 giây, là vận động viên nữ đầu tiên hoàn thành một cuộc thi đấu với thành tích dưới 30 giây.[30] Vào ngày 7 tháng 8, Hardy phá kỷ lục thế giới nội dung 100-m ếch với thời gian 1:04.45. Tiếp bước kỷ lục thế giới này, cô cũng phá kỷ lục thế giới nội dung 50-m ếch của chính mình với thời gian 29.80 giây.[31]

Tại World Cup bơi lội vào ngày 17 tháng 10, Hardy phá kỷ lục nội dung 50-m ếch (bể ngắn) kỷ lục mà cô lập được từ tháng 4 năm 2008 với thời gian 29.45 giây.[32] Vào ngày 7 tháng 11, Hardy một lần nữa cải thiện kỷ lục nội dung 50-m ếch (bể ngắn) với thời gian 29.36.[33] Vào ngày 12 tháng 11, Hardy lại phá kỷ lục thế giới của chính cô lần thứ ba liên tiếp với thời gian 28.96, là người phụ nữ đầu tiên có thành tích dưới 29 giây tại nội dung 50-m ếch bể ngắn.[34] Vào ngày 15 tháng 11, Hardy lại phá kỷ lục thế giới với thành tích 28.80 giây, nhanh hơn 0.16 so với kỷ lục trước đó của cô.[35] Hardy là nhà vô địch ở các nội dung của nữ tại World Cup bơi lội 2009. Cô được thưởng 100,000 đô-la Mỹ cho những thành tích của cô.[36]